Hiro Miyamoto é um instrutor de artes marciais e membro de um antigo clã de lutadores. Um dia ele descobre que Kage Mishima, um inimigo jurado de seu clã, ganhou a posse da Daikatana, uma espada mágica que permite que seu portador viaje no tempo. Como resultado da busca de Mishima pelo poder, uma doença devastadora está ameaçando a humanidade. Hiro e seus amigos devem se aventurar em diferentes períodos de tempo, recuperar a espada e derrotar Mishima.
Daikatana é um jogo de tiro em primeira pessoa usando o motor Quake II. O jogo é dividido em quatro episódios de vários níveis cada, cada episódio se passando em um período de tempo diferente: Japão de futuro distante, Grécia antiga, Idade das Trevas da Noruega e EUA de futuro próximo. O jogo usa cutscenes e texto para contar a história. Dois personagens controlados por IA acompanham Hiro durante toda a missão, ajudando-o em batalhas e também exigindo proteção. Além de várias armas de fogo diferentes, o próprio Daikatana, que o jogador adquire no Episódio 2, pode ganhar experiência e ficar mais forte à medida que é usado. O jogo inclui um modo deathmatch multi-jogador.