History Civil War Secret Missions coloca o jogador no papel de soldados da União e da Confederação lutando em batalhas lendárias que aconteceram na Guerra Civil Americana. O jogador tem como objetivo interromper o avanço dos exércitos do Norte e do Sul utilizando de qualquer meio necessário, como por exemplo parar linhas de suprimentos inimigas e sabotar suas fortalezas. O game apresenta uma jogabilidade realística, dando a imersão de uma guerra de verdade. Há várias armas disponíveis no game que foram usadas na guerra, como por exemplo uma Colt 1860, Remington 1858, revólver Pepper-box Allen & Thurber e muitas outras, cada uma com um tempo de recarga e coice ao atirar diferente, por exemplo um mosquete que demora muito tempo para recarregar e um rifle de repetição que leva um tempo bem mais curto.