O controle do console Nintendo 64 possui 2 gatilhos, um esquerdo chamado de L, um direito chamado de R, um botão Start localizado no centro do controle, uma alavanca analógica chamada de "Control Stick", uma cruz direcional à esquerda do controle, dois botões à direita do controle chamados de A e B, e na parte direita também um botão C direcional e um gatilho na parte de trás do controle chamado de Z.
O design do controle foi projetado para ser usado em 3 posições diferentes, na primeira o jogador pode segurar nos grips externos do controle, ficando um formato mais adequado para jogos em 2D semelhante ao controle do SNES, a segunda posição consiste no jogador segurar com a mão esquerda o grip central enquanto a direita segura o direito, servindo para jogos em 3D e a terceira consiste em segurar com a mão direita o grip central e com a mão esquerda o esquerdo, sendo o formato mais adequado para jogos de FPS.