A história começa em 1997. É madrugada na cidade de Los Angeles, e houve um assassinato em massa em um hospital geral nos arredores do centro da cidade. O perpetrador é o diretor do hospital, Richter Harris. Ele se trancou no hospital e fez vários pacientes como reféns, deixando a polícia desamparada e incapaz de se mudar. Depois de ouvir a situação, a única filha de Richter, Laura Harris, corre para Los Angeles de São Francisco para a trágica cena. no Hospital. Ao entrar, Laura se vê transportada para uma velha mansão, enquanto a voz desencarnada de seu pai implora para que ela saia. No entanto, ela deve seguir em frente para salvar seu pai e a si mesma.
D é um jogo de quebra-cabeça que exige que Laura resolva quebra-cabeças de inventário esotérico em um limite de tempo muito estrito. Cada um dos quatro discos do jogo deve ser concluído em cerca de trinta minutos cada, e salvar não é uma opção. O tempo é controlado usando o relógio de bolso de Laura. O relógio de bolso também pode ser usado para fornecer dicas para quebra-cabeças, mas após três usos o vidro se estilhaçará e parará de funcionar. O jogo também tem vários finais.