Em Yoshi's Safari , Bowser, Rei dos Koopas, e seus descendentes malignos invadiram a Jewelry Land. Os Koopalings confiscaram as jóias preciosas do Reino. Cabe a Mario, armado com seu confiável Super Scope, montar em Yoshi para rastrear Bowser e acabar com seus planos malignos.
Incomum nos jogos Mario , Yoshi's Safari usa uma perspectiva em primeira pessoa. A jogabilidade consiste em atirar nos inimigos antes que eles ataquem. Áreas escondidas e outros segredos podem ser desbloqueados atirando em grandes portões. Existem chefes ao longo do caminho que devem ser destruídos antes que os jogadores possam passar para a próxima área. O jogo suporta modos de jogo para um ou vários jogadores.