Depois de acabar com o reinado de terror de King K. Rool e recuperar sua ilha e, mais importante, suas bananas, Donkey Kong e seus amigos estão precisando de longas férias. Contudo, o vilão, utilizando agora o nome Baron K. Roolenstein, ainda tem planos malignos em seu bolso, sequestrando o gorila e seu sobrinho, Diddy. Agora, cabe a Dixie e um novo personagem, Kiddy Kong, resgatarem seus amigos antes que seja tarde.
Donkey Kong Country 3 traz Dixie como protagonista, com suas habilidades de planar por longas distâncias, além de um novo personagem, Kiddy Kong, que possui grande força, apesar de ser apenas um bebê gorila. Dixie e Kiddy terão que superar vários inimigos em diversos níveis para resgatar Donkey e Diddy, além de livrar o mundo da influência de K. Roolenstein de uma vez por todas.