O que aconteceu depois do primeiro Metal Gear Ac!d é deixado para discussão aberta, já que Snake está sofrendo de uma amnésia grave desde o início do jogo. Ele não sabe muito sobre seu passado, mas conhece bem suas habilidades, assim como seus companheiros recém-adquiridos. Retornando aos EUA após uma missão bem cumprida, sua única esperança é começar a se lembrar de seu passado ao pisar em solo amigo. Mas em vez de ter algum tempo para fazer isso, um agente do FBI leva ele e seus amigos sob custódia, deixando-o com apenas uma opção para salvar seus amigos: ajudar o agente em sua própria missão. Relutante, mas com pouco o que refletir, Snake concorda até conseguir conectar alguns pontos.
Ao contrário do jogo anterior, o jogo usa uma técnica de sombreamento de células 3D, tornando o jogo menos realista, mas mais colorido, agora com mais de 500 cartas à sua disposição. A jogabilidade é basicamente o mesmo estilo baseado em turnos do original, embora venha com algumas melhorias, como ser capaz de desfazer seus movimentos até certo ponto ou mover-se em tempo real e não perder movimentos ao abrir portas ou agachar-se. Há também um novo tipo de cartas que são acionadas automaticamente quando você usa outras cartas, geralmente melhorando sua ação de uma forma ou de outra.
O pacote Metal Gear Ac!d 2 vem com um Solid Eye, um tipo especial de óculos 3D (uma caixa de papelão que desliza sobre o PSP, não o plástico azul-roxo, mas com lentes) para jogar o jogo com efeito 3D. Você também pode usá-lo para assistir a vários filmes de Snake Eater e outros filmes à medida que os desbloqueia no jogo, dando a sensação de espaço 3D.