Harry Potter e a Câmara Secreta segue as façanhas de Harry durante seu segundo ano na Escola de Magia e Bruxaria de Hogwarts. Durante seu tempo lá, os colegas de classe de Harry estão ficando paralisados e Harry deve chegar ao fundo do que está acontecendo.
O jogo envolve Harry recebendo objetivos para completar junto com ele tendo que ir à aula para aprender feitiços. O jogo também tem algumas diversões de minijogos, como jogar Quadribol, mergulhar gnomos na água e coletar cartas de mago.Ocasionalmente, Harry se encontra em uma situação de combate. Harry pode ser equipado com até três feitiços diferentes ao mesmo tempo. Se o jogador puder fazer Harry lançar um feitiço no momento certo, o feitiço será mais poderoso que o normal.