Alex Kidd: The Lost Stars tem uma jogabilidade similar à dos outros jogos Alex Kidd , mas este é mais fácil e projetado para crianças. Mais uma vez, você joga como Alex, cuja missão é correr por cada local, derrubando inimigos e obter as seis bolas milagrosas. Essas bolas estão escondidas dentro dos lugares mais estranhos, como ovos de ouro, o navio Fantasy Zone fora de ação, conchas, presentes de Natal, abóboras e sinos de mesa.
Alex deve então se aventurar no espaço sideral para derrotar o maligno Ziggurat. Os locais incluem Toy World, Machine World, o World of Make Believe, Water World e Monster World. Você até mesmo fará um tour pelo corpo do gigante. Depois de obter as seis bolas milagrosas, você tem que correr por todos os locais novamente, mas esses locais repetidos introduzem novos inimigos.
Com todos os locais, você está sob um limite de tempo e, como de costume, se o tempo expirar, você perde uma vida. Alex começa o jogo sem nada, mas durante o jogo, ele pode coletar power-ups que lhe dão tempo extra e permitem que ele atire em inimigos ou pule mais alto.