Área 51, a lenda urbana, é uma base controlada pelos militares dos EUA no deserto de Nevada, aparentemente contendo uma instalação secreta de testes de aeronaves. Também é famosa como o assunto de muitas teorias da conspiração sobre OVNIs. Área 51 , o jogo, é um jogo de tiro em primeira pessoa (FPS) ambientado nesta base em particular, agora infestada de alienígenas desenfreados e um vírus mutagênico que muda seu personagem. Como Ethan Cole, Forças Especiais, especialista na Divisão HAZMAT (materiais perigosos), você tem que descobrir o que está acontecendo dentro da base e explodir a ameaça para salvar o mundo. Seu personagem corre contra o tempo: o mesmo vírus que está transformando o pessoal da instalação em monstros também está em seu organismo, transformando-o lentamente em uma criatura desumana sob o controle dos gênios alienígenas.
O herói tem acesso a mais de dez tipos de armas humanas e alienígenas para lutar contra as criaturas. Elas são projetadas pelo Stan Winston Studios, criador de monstros para filmes como Aliens , Jurassic Park e Predator . As armas podem ser usadas em combate corpo a corpo também, e é possível alternar para um modo de disparo alternativo, em alguns casos com a desvantagem de consumir mais munição. Ethan também pode usar um scanner para investigar itens de interesse, documentos, artefatos alienígenas e resíduos. As informações contribuem para a história de fundo e são armazenadas no banco de dados do scanner.
Em um ponto específico do jogo, você ganhará a habilidade de se transformar em uma criatura por um tempo limitado. Todos os monstros e humanos são então destacados pela sua visão térmica, e você pode usar garras em combate corpo a corpo e atirar em parasitas que buscam calor. Permanecer na forma mutante consome mutagênico, que pode então ser reabastecido drenando cadáveres infectados, matando inimigos em combate corpo a corpo ou consumindo seringas especiais com mutagênico, ao contrário de usar seringas médicas normais para restaurar a saúde.
Area-51 tem um componente de tela dividida para dois jogadores e um multijogador online (para até 16 jogadores) com vários modos, incluindo Deathmatch, Team Deathmatch, Capture the Flag, Capture and Hold e Infection. Em Infection, todos, exceto um jogador, começam como soldados saudáveis normais caçando um jogador mutante. Este último é capaz de criar mais mutantes matando jogadores oponentes e, assim, infectando-os.