No futuro, no planeta Allium, a situação se tornou desesperadora. Este mundo sofreu com o aquecimento global, fazendo com que as calotas polares derretessem. A elevação do mar resultou na redução drástica da quantidade de terra habitável. Tudo o que resta são cadeias de ilhas, tornando a terra o recurso mais valioso do planeta. Toda a população deve sobreviver e competir por essas ilhas.
Atualmente, há duas civilizações distintas em Allium, estabelecidas em um cessar-fogo desconfortável. Há os Forseti cientificamente avançados e os Muspell agressivos. Os Forseti desenvolveram recentemente o veículo de combate mais avançado que existe, o Battle Engine Aquila. O Aquila é um tanque mecanizado de quatro patas e um jato de combate, ele é capaz de alternar modos à vontade. Os jogadores assumem o papel de Hawk Winter, um operador de carregador de carga Forseti que foi recrutado por causa de suas habilidades de pilotagem.
Battle Engine Aquila é um jogo de tiro mecanizado que acontece em um campo de batalha maior. O jogador desempenha apenas um papel único, mas importante, em um esforço de guerra maior. Uma grande parte da jogabilidade consiste em apoiar e ser apoiado pelas forças aliadas. Os jogadores terão que lutar contra forças navais, aéreas e terrestres em ambos os modos de seu motor de batalha.