Três meses após os eventos de Resident Evil 2 , Claire Redfield ainda está procurando por seu irmão Chris. Ela se infiltra na sede da Umbrella Corporation em Paris, onde é capturada e nocauteada. Quando ela acorda, ela se encontra em uma prisão em uma ilha remota. Libertada por um guarda amigável, Claire enfrenta vários problemas. Não só a ilha está sob ataque de um assaltante desconhecido, mas também houve outro surto do T-Virus e a ilha está cheia de zumbis e outras criaturas mutantes. Claire não só tem que enfrentar os mortos-vivos, mas também o comandante da base, um aristocrata louco com laços familiares com as origens da Umbrella Corporation e do T-Virus. E escapar da ilha é apenas o começo das provações de Claire.
Código: Verônicacontinua a jogabilidade de terror de sobrevivência de seus antecessores: o protagonista explora os arredores, lutando contra monstros e resolvendo quebra-cabeças. No entanto, Code: Veronica é o primeiro jogo da série a acabar com planos de fundo pré-renderizados, usando um mecanismo 3D totalmente poligonal, que permite recursos como iluminação em tempo real e movimento de câmera. Ainda assim, esses movimentos são usados com moderação, e o uso da perspectiva é praticamente inalterado em relação às versões anteriores: a câmera muda automaticamente para diferentes ângulos estáticos, mostrando o protagonista, monstros e salas de diferentes pontos de vista assustadores.
A maioria das armas dos jogos anteriores faz aparições de retorno: faca, revólveres, espingarda, lançador de granadas e besta são todos apresentados. Há também novas armas, incluindo um rifle sniper, um AK-47 e várias armas encontradas apenas em pares, que podem ser usadas para atingir dois inimigos ao mesmo tempo. Várias atualizações de armas também podem ser encontradas.
Semelhante aos jogos anteriores, o jogador não apenas controlará Claire, mas também dois outros personagens: o companheiro de prisão de Claire, Steve, e seu irmão Chris.