Bomberman 64 é um jogo de plataforma de ação em 3D. No modo Aventura para um jogador, saqueadores estão de olho no pacífico planeta de Bomberman. Você explorará níveis labirínticos lançando bombas, resolvendo quebra-cabeças e encontrando itens escondidos. A ação se passa em cinco mundos coloridos: um vulcão em chamas, um castelo em ruínas, uma cordilheira gelada, uma estação espacial em órbita e uma vila de contos de fadas. Encontre todas as 100 Cartas de Ouro nos cinco primeiros mundos e você poderá acessar um sexto mundo. Para maximizar sua pontuação, você precisará terminar cada um dos 20 níveis o mais rápido possível. Os prazos são mais curtos na dificuldade Difícil.
O modo multijogador do jogo oferece duas variações: no modo Batalha Única, os jogadores correm pelas arenas, tentando explodir uns aos outros. O modo Batalha em Equipe é uma versão altamente explosiva do modo "capture a bandeira". Seu objetivo é destruir as joias da equipe inimiga enquanto protege a sua. Você pode escolher o número e a duração das batalhas. Você também pode escolher entre três níveis de inteligência artificial para bombardeiros controlados pela CPU.
Quando a opção Fantasma é selecionada, seu pequeno retorna como uma cópia esguia de si mesmo depois de explodir. Fantasmas podem controlar um Bomberman normal, mas não podem lançar bombas. Outros recursos incluem a possibilidade de lançar ou chutar suas bombas na diagonal, a capacidade de inflar bombas, deixar os inimigos inconscientes e, em seguida, agarrá-los e arremessá-los.