Em Choplifter, o jogador assume o papel de um piloto de helicóptero e é preciso salvar reféns em campos de prisioneiros de guerra em território governado pelo mal Império do Bungeling. O jogador deve coletar os reféns e transportá-los com segurança para a base aliada próxima, enquanto luta contra tanques hostis e outros combatentes inimigos, além de outros helicópteros extremamentes perigosos equipados com armas poderosas.
O jogo possui uma jogabilidade de rolagem lateral e é preciso salvar 16 reféns em cada missão, que vai ficando mais difícil conforme o jogador avança no game. Os locais incluem grandes castelos, navios, submarinos e até mesmo cavernas. Cada inimigo possui um ponto fraco, no qual o jogador precisa descobrir para derrotá-los rapidamente sem perder muito de sua vida.