Clock Tower 3 é uma aventura de ação e terror de sobrevivência em que você joga como Alyssa, uma garota que está prestes a completar 15 anos. Ela é chamada do internato para casa por causa de uma carta misteriosa de sua mãe. Quando ela chega, sua mãe se foi e apenas um estranho assustador está lá para cumprimentá-la. Alyssa está prestes a herdar um grande poder, e o misterioso estranho, que é parente próximo dela, mas a princípio mantém sua identidade escondida, está atrás dele.
Mas antes de fazer isso, Alyssa deve pacificar algumas almas em sua aventura, que precisam descansar, devolvendo-lhes itens de valor sentimental. Mesmo que eles estejam mortos, ela tem a capacidade de interagir com eles e, no final, trazer-lhes felicidade. Porém, para isso, ela terá que descobrir pistas que reconstituem suas histórias enquanto é perseguida por serial killers que mataram aqueles que ela tenta ajudar. Durante sua busca e exploração, ela não pode lutar diretamente contra os serial killers, mas terá que procurar lugares para se esconder ou tentar enganá-los, atordoá-los ou escapar de seus ataques, já que ultrapassá-los e despistá-los não é uma opção.
No final, quando Alyssa pacifica as almas perdidas, ela enfrenta cada uma delas em combate. Armada apenas com arco e flecha, o combate gira em torno de muitas corridas e ataques à distância, usando diferentes tipos de flechas para atordoar e, por fim, derrotar os assassinos que a perseguem. Depois de tudo feito, os assassinos são derrotados e a história chega ao fim, Alyssa enfrentará o misterioso estranho na luta final.