Em Enchanted Arms, os jogadores embarcam em uma aventura épica repleta de personagens únicos e com uma diversidade de criaturas. A história de Enchanted Arms começa quando Atsuma estuda para se tornar um Encantador junto com seus amigos Makoto e Toya na Enchanter's University em Yokohama City. Quando o trio pula aula para participar de um festival local, ocorre um terremoto e os golens feitos pelo homem na área se tornam frenéticos e atacam os cidadãos.
Os jogadores assumem o papel de Atsuma, um Enchanter-in-training que irá transformar de um estudante de nave para o mais poderoso salvador em uma guerra de 1.000 anos em formação. À medida que a história se desenvolve, os jogadores enfrentam desafios cada vez mais difíceis e aprendem a dominar as habilidades mágicas e de combate especiais de Atsuma. Usa um sistema de batalha baseado em turnos com cada lado em sua própria área batalhando entre si para sobreviver.