Harry Potter and the Half-Blood Prince é baseado no filme de mesmo nome. O jogador assume o papel de Harry Potter, que tem que lutar contra Lord Voldemort e seus asseclas.
O jogo não é completamente linear - entre os capítulos, Harry pode explorar a escola em seu próprio lazer. Se o jogador não quiser andar e procurar ao redor, ele tem duas maneiras de cortar caminho: retratos, que são desbloqueados durante o curso do jogo, podem ser usados para se teletransportar instantaneamente para outro lugar. Harry também pode chamar um fantasma que lhe mostra o caminho mais rápido para a próxima missão. A exploração tem principalmente um objetivo: encontrar os 150 (mais ou menos) brasões escondidos que desbloqueiam conquistas e troféus. Como Harry perdeu sua habilidade de pular e escalar, ele tem que usar feitiços para alcançá-los.
Minijogos
O jogador passará a maior parte do tempo em três minijogos: duelos mágicos, poções de fermentação e quadribol. Os duelos são usados para aprender novas magias e, respectivamente, melhorar as já conhecidas. Harry basicamente enfrenta outros mágicos e usa suas magias para derrotá-los, por exemplo, paralisando-os ou aparando suas magias. Para executar uma magia, o jogador tem que usar seu dispositivo de entrada para recriar um certo movimento.
Quadribol é um teste de reação. A vassoura de Harry voa automaticamente e o jogador só pode movê-la levemente para voar através de anéis ou evitar obstáculos. Enquanto prepara poções, Harry enfrenta uma tigela, ingredientes e um limite de tempo. Agora ele simplesmente precisa recriar o recibo usando os ingredientes corretos na tigela. Às vezes, ele precisa aquecer a tigela ou agitar a mistura com seu dispositivo de entrada. Se ele cometer um erro, há fumaça que custa tempo.