Hokuto no Ken é baseado na série de anime First of the North Star , dando continuidade à sua trama. A história começa quando Burt e Lynn estão prestes a se casar e Lynn é sequestrada por Jado (que lembra o Jagger da primeira série de Hokuto no Ken), um discípulo do "Dark Hokuto", o Punho Negro da Luz Falecida, usando uma técnica chamada Hokuto Mumyo Ken, uma técnica mais antiga que o próprio Hokuto Shinken. Então, Ken (que está aposentado em uma caverna) é atacado por um capanga dessa escola de artes marciais. Após derrotá-lo, Ken decide investigar.
O jogador assiste ao desenvolvimento da trama em longas cutscenes, semelhantes às de anime, e assume um papel ativo apenas durante as batalhas simples por turnos. O jogador escolhe suas ações em um menu. Uma barra de tempo marca o fluxo dos turnos. Quando a batalha é vencida, outra cutscene começa, e assim por diante. O jogo é dividido em níveis e uma senha é dada após vencer cada um deles.