Will é um garoto cujo pai desapareceu há muito tempo. Agora, Will mora em uma pequena cidade com seus avós. Ele possui habilidades incomuns de empurrar e puxar coisas sem tocá-las. Um dia, ele encontra em sua casa uma menina, que logo se revela a princesa Kara. O pai de Kara, o rei Eduardo, quer que ela se case com uma pessoa misteriosa chamada Chacal. Kara pede a Will para ajudá-la a escapar do palácio, e logo ambos se envolvem em uma série de mistérios e conspirações.
Illusion of Gaia é um RPG de ação ambientado em uma versão de fantasia da Terra que lembra a era da exploração (século 16) e apresenta locais famosos do mundo real, como as pirâmides egípcias, a Grande Muralha da China, etc. O jogador controla Will, que pode lutar em sua forma regular ou se transformar em qualquer um dos dois alter egos: o cavaleiro das trevas Freedan e Shadow, uma manifestação de energia. Cada personagem tem atributos diferentes e luta com sua própria arma. O jogador recebe joias especiais ao limpar uma sala de inimigos, que funcionam como pontos de experiência e são usados para melhorar os atributos do protagonista. Não há sistema monetário ou equipamento no jogo.