Jak está de volta em outra aventura cheia de ação, mas ele não é o mesmo. Experimentos com o Dark Eco deram errado, deixando Jak com um lado sombrio incontrolável. Acompanhado por seu fiel amigo Daxter, libere os poderes das trevas em vários inimigos e testemunhe transformações surpreendentes. Armado com armas poderosas, um jetboard de alta tecnologia, um traje mecânico impenetrável e vários veículos à sua disposição, Jak II traz novos desafios aos jogadores em relação ao seu antecessor.
O jogo é do estilo plataforma em terceira pessoa, no qual o jogador controla Jak, o personagem principal. No entanto, no início do jogo, o jogador pode descobrir o modo Dark de Jak, que pode ser ativado quando o medidor de eco está cheio, e pode desencadear um conjunto de habilidades novas corpo a corpo mais indisciplinados, com eventuais poderes escuros como bomba, armas e várias outras habilidades que somente esse modo pode trazer.