Mario Super Sluggers , a sequência de Mario Superstar Baseball , continua a jogabilidade estilo arcade dos jogos esportivos do Mario. Mario e seus amigos são convidados para o Baseball Kingdom para jogar uns contra os outros. Quando Bowser ouve isso, ele imediatamente interrompe a festa.

Existem vários modos de jogo para escolher, como no jogo anterior. No modo Exhibition, os jogadores jogam uma única partida uns contra os outros. Os jogadores podem escolher diferentes opções, como quantos innings jogar, se os capitães podem usar poderes de estrela (cada capitão tem um swing e arremesso de estrela diferente) e alternar itens de erro desativando e ativando (itens de erro podem ser lançados em fielders).

O modo Desafio para um jogador é diferente desta vez. Em vez de escolher um capitão de equipe, os jogadores começam com Mario, que deve encontrar companheiros de equipe para enfrentar Bowser Jr. e Bowser. Os companheiros de equipe não são desbloqueados jogando um jogo, mas apenas se juntam à equipe ao concluir certos objetivos. A maior parte da ação ocorre em áreas com uma perspectiva aérea; cada área é baseada em um capitão de equipe. Cada capitão tem uma habilidade especial para encontrar companheiros de equipe e moedas, que são usadas para comprar itens para ajudar na missão ou em um jogo contra Bowser Jr. ou mais tarde contra Bowser. Mais moedas podem ser obtidas em minijogos.

O modo Toy Field é um pouco diferente do apresentado no Mario Superstar Baseball . Como no jogo do GameCube, os jogadores se revezam rebatendo para ganhar pontos; uma vez é concedida a quem agarra e segura a bola após um certo tempo ter passado. Ao contrário do jogo anterior, no entanto, os fielders podem atacar uns aos outros para roubar a bola de quem a tem. O batedor também pode jogar itens nos fielders para fazê-los largar a bola e conceder ao batedor outra vez.

Além desses modos, há Minigames e um modo Practice. Os Minigames e o Toy Field também podem ser encontrados no modo Challenge. O modo Practice ensina aos jogadores iniciantes os fundamentos do jogo.

Três esquemas de controle diferentes são apresentados no jogo. Os jogadores podem usar o Wii Remote sozinho com ou sem controle de movimento. Usar o Wii Remote sozinho com controle de movimento torna a corrida e o campo automáticos. Os jogadores podem usar o Nunchuk para controlar o campo e a corrida enquanto usam movimentos no Remote.