Sigma, o líder do exército Maverick, foi destruído quando subestimou seu oponente: um guerreiro solitário, despertado em um tempo que ele nunca conheceu...X.
6 meses se passaram, e X ascendeu ao posto de líder dos Maverick Hunters. Sua primeira tarefa era eliminar o último dos Mavericks. Mas quando ele começou sua tarefa, um misterioso grupo de Reploids que se autodenominavam X-Hunters apareceu com uma mensagem para X: os restos de seu camarada caído, Zero, estavam nas mãos dos X-Hunters, e eles planejavam ressuscitar Zero para lutar ao lado deles e por seu líder caído, Sigma.
Agora, X deve deter os X-Hunters e resgatar Zero, e mais uma vez impedir que Sigma retorne ao poder supremo.