O ano é 1974. Na Costa Rica, um exército desconhecido de soldados bem equipados tomou conta do país indefeso. O jogo segue as façanhas do protagonista Big Boss enquanto ele dirige a unidade mercenária Militaires Sans Frontières. Mais tarde, soube que os soldados que invadiram o país são uma unidade desonesta da CIA e se Big Boss lutar com eles, se tornará um inimigo da América.
Peace Walker consiste em dois modos de jogo principais: "Mission" e "Mother Base". "Missão" são as seqüências de ação reais do jogo, nas quais o jogador deve se infiltrar em um território inimigo ou lutar contra um chefe, enquanto "Mãe Base" é um modo de gerenciamento de exército semelhante à tela de instruções do Portable Ops. Encare esta dura missão na pele de Big Boss, sobreviva e mantenha-se fiel a América, acabando com a corrupção da CIA.