Raiden, o deus do trovão, é o único lutador que resta entre Shang Tsung e sua tomada de Earthrealm. Em uma batalha final, Raiden luta contra Shang Tsung e Quan Chi, os dois fundadores da Deadly Alliance. Quando parece que Raiden está prestes a acabar com os dois inimigos, eles se recuperam e ele é derrotado. Com um gosto pelo poder e suspeitas surgindo, Shang Tsung e Quan Chi então se voltam um contra o outro, querendo Earthrealm para si. Quando parece que Quan Chi é vitorioso, o verdadeiro governante de Outworld retorna, o Rei Dragão. Quan Chi ataca o Rei Dragão, mas não é poderoso o suficiente. Shang Tsung, se recuperando da batalha, se junta a eles, mas eles ainda não conseguem derrotar o Rei Dragão. Finalmente, deixando os pensamentos de batalha de lado, Raiden desperta, e uma nova aliança se forma entre os três. Os poderes combinados de todos os três ainda não conseguem derrotar o Rei Dragão. Raiden sacrifica a si mesmo, Shang Tsung e Quan Chi para matar o Rei Dragão, mas seu sacrifício é em vão, e o Rei Dragão só se torna mais poderoso.
Deception tem o modo Arcade padrão, que leva você a uma escada de inimigos cada vez mais difíceis. Introduzido no jogo do ano passado, Konquest retornou, embora seja muito diferente. Em vez de seguir um caminho definido, agora você está livre para vagar por várias áreas, como um RPG. Você pode executar tarefas para pessoas entre aprender novas técnicas. O modo Konquest é um jogo em terceira pessoa, que quase pode ser chamado de um jogo por si só. Existem dois novos modos de jogo, Chess Kombat e Puzzle Kombat.
Chess Kombat é um jogo de xadrez padrão, usando lutadores como peças. Você se move normalmente, e sempre que duas peças se encontram, elas entram em uma batalha no modo arcade. O vencedor da luta fica com o quadrado. Uma vez que o Líder (Rei) tenha sido capturado, o jogo acaba.
Puzzle Kombat é uma variação de Tetris e Dr. Mario. Você deve girar blocos que caem e colocá-los em padrões. Você então ganha um bloco especial que, quando colocado em cima do bloco da mesma cor, destruirá todas as peças, fazendo com que o tabuleiro do seu oponente encha mais rápido.
Há mais de doze personagens para escolher, incluindo favoritos da série como Sub Zero e Scorpion. Há personagens de jogos recorrentes, como Mileena e Baraka, assim como personagens ocultos e desbloqueáveis, como Ermac, Noob Saibot e Smoke.
A Krypt está de volta e, mais uma vez, ela permite que você abra criptas, que contêm itens e itens desbloqueáveis, usando moedas obtidas ao jogar os modos Arcade, Xadrez e Konquest.
Há uma variedade de arenas diferentes para lutar, e algumas delas são interativas. Alguns ambientes permitem que você jogue os inimigos para níveis diferentes, como Dead or Alive . Novidades em Deception são as arenas que têm armadilhas mortais. Se você conseguir derrubar um oponente do palco em uma dessas arenas, ele morrerá instantaneamente, não importa quem esteja vencendo. Algumas armadilhas mortais incluem um moedor de carne, uma máquina derretida e o clássico estágio Pit reinventado.
A Kollector's Edition traz um disco bônus que tem uma versão arcade perfeita de Mortal Kombat , o jogo que começou tudo. O disco bônus também inclui biografias em vídeo de todos os personagens, assim como muitas informações históricas.