Em Pokémon Y, o jogador controla um jovem treinador que vai em uma missão para pegar e treinar criaturas, vencendo batalhas contra outros treinadores. Ao derrotar um monstro inimigo em batalhas por turnos, o Pokémon do jogador ganha experiência, permitindo-lhe subir de nível e aumentar as estatísticas de batalha, aprender novos movimentos para usar em combates e, em alguns casos, evoluir para versões mais poderosas.
Sua aventura acontece na extensa região de Kalos, onde você explora cidades, conhece pessoas e encontra muitos Pokémon. Não perca a cidade de Lumiose, o ponto central da região, onde você retornará muitas vezes ao longo da sua aventura. Você é capaz de fazer sua jornada como menino ou menina e você poderá escolher o visual geral do seu herói de acordo com o seu gosto.