Depois de muitas aventuras perigosas, o Príncipe finalmente volta para casa na Babilônia, trazendo consigo sua nova noiva Kaileena, a Imperatriz do Tempo. Suas esperanças de um futuro pacífico e feliz juntos são frustradas, no entanto, quando eles chegam à Pérsia e encontram a terra devastada pela guerra. Kaileena é prontamente capturada e assassinada pelo maligno Vizir, e sua morte libera as Areias do Tempo, das quais o Vizir deriva novos poderes aterrorizantes.
Mais uma vez o Príncipe da Pérsia deve lutar, mas desta vez ele estará mais forte do que nunca, graças ao seu novo alter ego, o Príncipe Negro, nascido do contato do Príncipe com as Areias. Enquanto ele luta para recuperar seu reino das mãos de um louco, ele também deve batalhar com seus próprios demônios internos, pois o Príncipe Negro ameaça consumi-lo completamente.
O jogo é muito similar (em termos de sequências de luta e quebra-cabeça) às parcelas anteriores da trilogia Prince of Persia da UbiSoft: The Sands of Time e Warrior Within. Há algumas inovações importantes, como o personagem Dark Prince, que possui o protagonista principal de tempos em tempos e oferece a ele novos combos e movimentos. Há também uma nova habilidade, chamada "Speed Kill", que é muito eficaz contra todos os oponentes no jogo (as vítimas são atacadas por trás e assassinadas de forma brutal e furtiva).
Em Prince of Persia: The Two Thrones, o jogador explorará não apenas as ruas da Babilônia, mas também um palácio em ruínas de seu pai, um templo e os famosos Jardins Suspensos.