A cada 300 anos, o Eclipse da Morte mata todas as criaturas recém-nascidas. Homens, mulheres e crianças, animais e plantas, até mesmo monstros ferozes - ninguém pode sobreviver à devastação causada pelo Eclipse. Ninguém, exceto uma criança escolhida pelo destino. 600 anos atrás, uma criança sobreviveu ao Eclipse da Morte, apenas para se tornar um rei demônio. Durante o próximo Eclipse, uma criança escolhida se tornou um rei sagrado, e ele derrotou o rei demônio maligno. Agora, quando o próximo Eclipse está se aproximando, ninguém sabe quem será o próximo sobrevivente afortunado - um demônio ou um homem sagrado?
Em Romancing SaGa 3 , você pode jogar a história controlando qualquer um dos oito personagens principais - Julian, Monica, Mikhael, Harid, Katarina, Thomas, Elena e Sarah. A história é comum para todos os oito personagens, e eles frequentemente se juntam e compartilham o mesmo pedaço de uma história. A princesa Monica descobre sobre uma rebelião planejada por um barão traiçoeiro para destronar seu irmão, o marquês Mikhael. Ela vai avisá-lo, mas no caminho, ela perde seu cavalo, e tem que parar em uma pousada da cidade de Shinnon. Lá, ela conhece viajantes que concordam em emprestar-lhe um cavalo e acompanhá-la para ver seu irmão. Quando eles finalmente alcançam Mikhael, uma guerra começa...
O jogo tem um sistema de atualização refinado: você pode atualizar suas armas e suas magias usando-as continuamente. O combate em grupo é baseado em turnos, e também há batalhas estratégicas de exército contra exército que você terá que comandar.