No início do Japão feudal, um homem chamado Shiro Tokisada Amakusa prega uma religião herética. Poucos sabem que Amakusa é, na verdade, um servo do maligno Ambrosia, que possuiu e tomou posse do corpo de Amakusa, pois Ambrosia deseja envolver o mundo em trevas eternas. Agora, o jogador deve escolher entre 12 guerreiros ferozes e mais 3 personagens bônus para lutar pela honra de derrotar Amakusa de uma vez por todas, enquanto cumpre uma missão específica para cada guerreiro do jogo.

No entanto, a versão Genesis do jogo não inclui o Earthquake, que foi removido devido à sua capacidade de memória de 16 bits e limitações técnicas de tamanho.