Socom 2: U.S. Navy Seals é um jogo de tiro em terceira pessoa que possui um total de 12 missões diferentes divididas em quatro países Albânia, Brasil, Argélia e Rússia, ao todo são três missões para cada país, o jogador deve liderar uma equipe tática utilizando sua estratégia para não criar combates desnecessário ou ser alertado pelo inimigo. O jogo avalia cada missão que o jogador concluir dando notas, essas notas podem variar entre A a F.
Cada missão vai ter três tipos de objetivos, objetivo primário é o que o jogador deve cumprir para finalizar a missão, objetivos secundários são aqueles que o jogador pode optar por fazer ou não porém, eles têm um peso muito grande na sua nota, e por fim, o objetivo bônus, que estão escondidos durante as missões e tem a mesma lógica do objetivo secundário que se o jogador optar por concluí-los, armas diferenciadas serão desbloqueadas.