Problemas aguardam Peter Parker na primeira aparição do Homem-Aranha no Game Boy Color: uma explosão no laboratório do Dr. Curt Conners o levará a uma trama planejada por um vilão misterioso, envolvendo o simbionte alienígena e vários dos principais inimigos do Aranha.
O jogo é um jogo de plataforma, dividido em vários níveis grandes. A progressão não é estritamente linear: alguns níveis podem ser explorados livremente em qualquer ordem antes de continuar com a história. Os locais incluem a cidade, o metrô e os esgotos, as docas e um armazém. Os níveis geralmente estão cheios de inimigos que o Homem-Aranha pode derrotar com chutes e socos. Derrotá-los eventualmente fará com que ele ganhe níveis, fique mais forte e aprenda novos golpes de luta.
As habilidades especiais do Aranha entram em ação quando ele se balança livremente sobre os telhados, se agarra a paredes ou lança teias de aranha nos inimigos para imobilizá-los. Seu sentido aranha geralmente o alerta quando locais importantes ou obstáculos especiais estão próximos.
O jogo inclui várias lutas contra chefes como Venom, Lagarto e Duende Macabro.