Os eventos da Ilha de Yoshi acontecem no passado. Mario era um dos dois irmãos gêmeos que o malvado Magikoopa Kamek tentou sequestrar. Kamek sequestrou um dos irmãos, mas o segundo, Mario, caiu na Ilha de Yoshi, onde moram os Yoshis. Os Yoshis decidiram carregar o bebê Mario e trazê-lo para seus pais. Mas Kamek enviou tropas e hordas de monstros para deter os Yoshis e sequestrar Mario.
No jogo, os jogadores controlam os Yoshis de cores diferentes na maioria das vezes. Mario é um bebê indefeso, a menos que uma estrela que o torne invencível seja coletada. Como Yoshi, os jogadores podem engolir inimigos para fazer ovos; esses ovos são usados para atacar outros inimigos e ativar interruptores. Yoshi pode fazer um salto de vibração para limpar grandes lacunas que um salto normal não pode. Os jogadores também podem bater no chão para ataques e também acionar certos interruptores. Além disso, Yoshis podem se transformar em veículos, como helicóptero, submarino ou trem. Se Mario for desmontado de um Yoshi, uma contagem regressiva começará e Yoshi deve pegar o bebê antes que os servos de Kamek o sequestrem. Quando Mario é invencível, ele não monta em Yoshi e é imune a ataques. Enquanto invencível, Mario pode subir certas paredes.