Super Paper Mario é um jogo de plataforma de famosa franquia de Mario, este game se afasta um pouco dos demais títulos anteriores pelo fato de o jogador conseguir controlar Mario, Princesa Peach, Bowser e Luigi, porém o maior diferencial é o fato de o Mario conseguir alternar entre as dimensões, permitindo-lhe entrar em uma dimensão 3D e 2D, que é usada em cada nível para desviar de obstáculos e conseguir continuar a fase.
O objetivo principal do jogo é coletar oito corações puros, quando conseguir coletar um outra área irá ser liberada e assim por diante até conseguir os oito, cada área do game é unida a uma cidade central chamada de Flipside. A habilidade de Mario de virar entre as dimensões 2D e 3D é usada principalmente para desviar obstáculos, porém ela pode revelar inimigos e itens escondidos, mas o jogador deve tomar cuidado, pois permanecer tempo demais em 3D escota a vida de Mario.