The Legend of Zelda: Spirit Tracks continua o seu estilo de jogo de e The Legend of Zelda: Phantom Hourglass, que consiste em os jogadores usarem a caneta para controlar o Link assim podendo usar suas armas e itens. O game é dividido em explorar o mundo superior "história principal" e explorar cidades e masmorras "que seriam as sidequests".
No mundo superior o jogador é capa de dirigir o trem a vapor, com a capacidade de controlar a velocidade e a direção seja para frente ou para trás, virar nos cruzamentos ou pode definir uma rota automática para o trem basta desenhar a rota no mapa do jogo, Link também pode aprimorar o seu trem, colocando canhões para se proteger de inimigos ou até mesmo colocar um carro de carga para trasporte de mercadorias pelas cidades.