O malvado cientista Dr. Wily concluiu uma pesquisa proibida para atacar novamente a pacífica sociedade robótica. Assim, rouba oito dos robôs do Dr. Light e aumenta suas habilidades para usar em seus planos de conquistar o mundo. A fim de combater a situação, o Light decidiu instalar um protótipo do Double Gear System que Wily criou quando era mais jovem no Mega Man, dando-lhe habilidades para ajudá-lo a parar de uma vez com o mal.
Encarando mais uma grande missão, os jogadores controlam Mega Man enquanto ele tenta parar os planos do Dr. Willy. Mantendo o mesmo estilo da série original, seu estilo gráfico apresentado é um 2.5D com personagens e todos seus cenários em ambientes 3D poligonais. Diversos inimigos vão aparecer no seu caminho para te deter nessa viagem linear, tudo isso antes de encarar um dos Robot Masters do vilão.