Sub-Zero consegue achar Quan Chi, mas este se teleporta e foge novamente, deixando Sub-Zero cercado pela Irmandade das Sombras, mas ele consegue se livrar de todos e segue até uma prisão, no qual é capturado. Jogado em uma cela, Sub-Zero encontra com Scorpion, que tenta matar o guerreiro Lin Kuei por vingança, mas acaba sendo derrotado novamente.
Apesar de Mortal Kombat Mythologies Sub-Zero ser um game de ação e aventura, os controles são bem parecidos com os jogos de luta 2D da série. O jogador controla Sub-Zero, e assim como os jogos anteriores, quatro botões estão disponíveis para ataque, um botão para bloqueio e um para execução, incluindo movimentos especiais.