Shao Kahn ganhou. O Earthrealm não existe mais. A fim de reviver sua Rainha Sindel, o imperador Shao Kahn usou o Torneio Outworld de Mortal Kombat 2 como uma diversão enquanto seus Sacerdotes das Sombras revivem sua Rainha caída na Terra. Uma vez promulgada, a ponte dimensional entre os dois reinos se conecta, permitindo que os esquadrões de extermínio de Kahn invadam e destruam a Terra e escravizem as almas da população.
Uma pequena equipe de "Guerreiros Escolhidos" de Raiden sobrevive ao ataque: o campeão de Mortal Kombat Liu Kang e seu aliado Kung Lao, os agentes das Forças Especiais Sonya Blade e Jax, o xamã Nightwolf, o policial de choque Stryker, o nômade Kabal e o ex-guerreiro Lin Kuei Sub-Zero, que se tornou desonesto de seu clã. Enfrentando os guerreiros estão o mercenário Kano, os ciber-ninjas Smoke, Sektor e Cyrax, Sheeva, uma fêmea Shokan, o feiticeiro Shang Tsung e a própria rainha Sindel.
Mortal Kombat 3traz novos elementos para a série de luta 2D: campos de jogo de vários níveis, ataques "Dial-A-Combo", um botão "Run" para acelerar as batalhas e "Vs". códigos, que desbloqueiam novos poderes e habilidades quando os dois jogadores inserem uma sequência de código nas telas de pré-jogo. Também estão incluídos mais fatalidades de palco e movimentos de finalização à medida que cada guerreiro tenta enfrentar o executor Centaurian Motaro e o próprio Shao Kahn.