Puyo Puyo Sun é a terceira entrada na série principal de jogos de quebra-cabeça em tempo real Puyo Puyo, sendo seu título um trocadilho envolvendo a palavra japonesa para "três". O malvado Príncipe Negro fez com que o sol aumentasse seu tamanho e poder para níveis perigosos e, portanto, o mundo Puyo Puyo está à beira de ser queimado, a menos que você evite isso.
O jogo apresenta três campanhas de história distintas, cada uma colocando você contra um conjunto diferente de inimigos que você deve batalhar no clássico estilo Puyo Puyo: em cada fase você enfrenta um oponente em duas áreas de jogo diferentes, uma para você e outra para seu oponente . Conforme os "puyos" em forma de bolha começam a cair na sua área de jogo, você deve alinhá-los e criar grupos da mesma cor para limpar a tela antes de ser inundado por puyos. Encadear puyos de cores diferentes permite que você envie vários puyos "lixo" para a área de jogo do jogador adversário na esperança de inundá-la ou retardar seu avanço, e quem quer que derrote o jogador adversário passa para o próximo desafiante.
Novidade para Puyo Puyo Sun são os Sun Puyos, que podem ser adicionados a combos para danos extras. Também inclui 2P vs gameplay, modos de desafio e galerias e outros recursos de bônus.