O herói dos três primeiros jogos Syphon Filter, Gabe Logan recrutou uma nova organização antiterrorista chamada IPCA. Durante a maior parte do jogo você controla os recrutas. No entanto, você joga como Gabe em uma missão. Das 17 missões, você pode jogar cerca de metade delas online. As missões são grandes e acontecem em todo o mundo. O foco principal do jogo está nas armas. O jogo foi desenvolvido basicamente pensando no online.