O jogador controla dois personagens, Salsicha e Scooby-Doo, conforme eles avançam por cinco níveis, resolvendo mistérios para a Mystery Inc. Salsicha e Scooby podem trocar de lugar quando o jogador quiser jogar como Salsicha ou Scooby, encontrar uma pista e relatá-la para Velma Dinkley e pode derrotar certos monstros, usando o Tome of Doom. Cada personagem tem uma habilidade diferente. Certos níveis apresentam apenas um personagem jogável. O Tome of Doom pode ser carregado usando feixes mágicos que o jogador pode coletar ao longo do caminho, quando o Tome of Doom estiver com pouca magia ou acabar. Os personagens dos jogadores têm um 'medidor legal', que quando vazio, faz com que o jogador perca o controle do personagem. O jogador pode recarregar este medidor consumindo Snacks Scooby ou outros alimentos encontrados no nível. Certos itens alimentares são contados como colecionáveis e desbloquear bônus se o jogador encontrar todos eles dentro de um determinado nível.