Alex Kidd, morador do planeta Áries, é irmão do rei. Um dia ele se depara com um boato de que seu pai há muito perdido, o Rei Thor, está vivo e em algum lugar do planeta Paperock. É claro que ele viaja imediatamente para o referido planeta para encontrar seu pai.
Alex Kidd in the Enchanted Castle oferece ação de plataforma padrão em que Alex explora níveis de rolagem lateral e tem que evitar tocar nos inimigos. Ele tem dois ataques padrão à sua disposição: socar inimigos no chão e chutá-los no ar. Ele também usa itens para facilitar sua vida, por exemplo, um pedicóptero com uma arma, um pogo-stick para alcançar um terreno mais alto ou um manto de invulnerabilidade. Após o uso, Alex coloca esses itens em seu inventário, mas ele perde o item ativo ao morrer. As moedas são adquiridas de inimigos derrotados ou baús de tesouros.
Assim como em Alex Kidd in Miracle World, o minigame Janken, também conhecido como pedra-papel-tesoura, desempenha um papel importante: os chefes não são derrotados atirando, mas vencendo-os neste jogo de azar. A novidade em comparação com o antecessor é que Janken também precisa ser jogado para comprar itens em lojas: depois de pagar pelo item, ele só é dado a Alex se ele ganhar o minijogo. O resultado do fracasso é a morte