Muitas estações de cultivo atrás, o Reino das Saladas era uma terra pacífica. Mas um dia, o ministro Pumpkin traiu o rei Brócolis, sequestrou a princesa Tomate, roubou o emblema real do nabo e os levou para seu castelo nas montanhas da abobrinha. Ele enviou suas cruéis Farmies para aterrorizar o Reino das Saladas. Pouco tempo depois, o rei morreu, incapaz de se recuperar da perda de sua bela filha. Mas ele prometeu a você, o corajoso Sir Cucumber, a mão da princesa e todo o reino, se você salvar o belo Tomate das garras da abóbora maligna.
Princess Tomato é um jogo de aventura em que o jogador interage com o ambiente escolhendo comandos de um menu, como o tradicional "cheque" ou "dá", e o menos tradicional "elogio" ou "percy". Percy é um pequeno caqui que será o fiel ajudante do herói durante toda a missão e o ajudará em muitas ocasiões. Os quebra-cabeças são simples, e são baseados principalmente em conversar com personagens, encontrar itens e dá-los.
Esta versão é um remake do jogo de computador Salad no Kuni no Tomato-hime; ele apresenta personagens e locais redesenhados, algumas mudanças no diálogo e na história, interação baseada em menu em vez de um analisador de texto e a adição de um mini-jogo de pedra-papel-tesoura-como Finger Battle.