WWE SmackDown! Here Comes the Pain é uma continuação de WWE SmackDown! Shut Your Mouth, apresentando mais de 55 superestrelas da WWE (incluindo Brock Lesnar, Scott Steiner, Rey Mysterio, Bill Goldberg e outros), além de adicionar lutadores famosos de tempos antigos ("WWE Legends") para a lista.
O jogo apresenta atributos da vida real de força, submissão, técnica, velocidade e resistência para cada lutador. Esses novos atributos permitem aos jogadores desgastar seus oponentes e tirar vantagem das habilidades únicas e extensos conjuntos de movimentos de cada Superstar, expandindo a quantidade de posturas para dezesseis (em oposição a quatro no jogo anterior). A apresentação foi aprimorada com novos ângulos de câmera, dublagens de superestrelas, animações adicionais e novos elementos de arena e multidão.
Os jogadores podem criar, jogar e desenvolver a sua própria estrela através de várias histórias encenadas pela WWE. Novos tipos e modos de partida também estão disponíveis. Os jogadores podem acompanhar seu progresso com estatísticas sazonais, ganhar dinheiro para desenvolver habilidades de superestrelas e desbloquear recursos ocultos.