O jovem Yugi Muto, seu amigo Joey Wheeler e outros personagens do Yu-Gi-Oh! manga são sugados para um jogo virtual criado por um cientista louco chamado Scott Irvine, que quer se vingar de Seto Kaiba, o CEO da Kaiba Corporation, por demiti-lo. O jogador pode escolher entre dois cenários, jogando como Yugi, o herói principal do mangá, ou Kaiba, seu antagonista. Ambos terão que impedir o imperador Heishin de dominar o mundo, ao mesmo tempo tentando parar Scott Irvine, e enfrentar as criaturas que estão em seu caminho para a liberdade: os deuses egípcios Obelisco, Slifer e Ra.
Yu-Gi-Oh!: O Reino da Falsidadeé um jogo de estratégia em tempo real com elementos de um RPG baseado em turnos. A maior parte da jogabilidade consiste em comandar tropas (comandadas por um marechal), lutar contra forças imperiais e tentar sair vitorioso para avançar no enredo. As cidades capturadas podem ser fortificadas; arsenais e enfermarias podem ser construídos para fornecer suprimentos e cura para os marechais. As batalhas reais são tratadas em um estilo de RPG baseado em turnos no estilo japonês, os personagens trocando golpes até que o grupo controlado pelo jogador ou os oponentes sejam derrotados.