Nesta edição de Club Penguin para Nintendo DS, os jogadores se tornam agentes da Elite Penguin Force, percorrendo missões secretas, resolvendo mistérios e se conectando com o mundo on-line do Club Penguin de novas maneiras. Os jogadores usarão gadgets, acessórios, disfarces e veículos familiares e totalmente novos, enquanto partem em novas missões para investigar eventos intrigantes no mundo do Club Penguin.
Jogue diversos mini jogos favoritos do Club Penguin, como Cart Surfer, Jet Pack Adventure e Ice Fishing de uma maneira totalmente nova, usando a tela de toque do DS e a exclusiva tela dupla. Explore locais nunca antes vistos em edições passadas, incluindo a Sala de Treinamento Puffle, o Barracão de Ferramentas e os Túneis de Minas. Esteja pronto para assumir o papel de agente da EPF, completando 13 missões secretas para combater o mal.