Milhares de anos atrás, em uma batalha com o ancião decadente conhecido como Shinnok, Raiden foi responsável pela morte de toda uma civilização. Para livrar todos os reinos da ameaça de Shinnok, Raiden fez uma guerra que mergulhou a terra em séculos de escuridão e baniu Shinnok para um lugar chamado Netherrealm. Agora, após a derrota de Shao Kahn, Shinnok conseguiu escapar de Netherrealm, trazendo toda guerra novamente.
Com grande aperfeiçoamento nos seus gráficos, o game manteve sua clássica jogabilidade dos games de luta. MK4 introduz um sistema de armas especiais, onde cada lutador com sua devida combinação de golpes, tem o uso desses power-ups durante as batalhas. Armas podem ser derrubadas, cabeças cortadas e todos movimentos originais da franquia.