Mega Bomberman é um jogo de ação de cima para baixo. Controle seu Bomberman através de vários níveis, derrotando vários inimigos e muitos chefes. Cada nível consiste em blocos para explodir e alguns blocos que não explodem. Às vezes você precisará dos blocos que não explodem como abrigo. Os blocos que explodem revelam power-ups e ovos.
Os ovos são o toque único desta versão do Bomberman. Quando você pega um ovo, ele eclode e se transforma em um canguru. Existem vários tipos de cangurus, cada um com sua habilidade única. Você sobe nas costas do canguru e utiliza sua habilidade. Se acontecer de você entrar em uma explosão, o canguru sofre o dano e morre e você continua a viver.
Outro recurso exclusivo no modo multijogador é que você pode escolher seu personagem. Escolha um dos 9, como Miner, Tiny, Fat, Cop, Punk (na capa), Lady, Old man, Robot e o Bomberman original.
Depois de selecionar seu personagem, prepare-se para a batalha, pois você será colocado em um dos 4 cantos da arena. Agora é só abrir caminho pelos blocos e atacar alguns oponentes. Cuidado com as bombas deles e lembre-se de desviar das suas. Há também muitas arenas para você escolher. Cada arena tem seu próprio toque, como alçapões, um iglu para se esconder, esteiras transportadoras e muito mais.