Em Super Mario Bros. 3 o reino dos cogumelos está passando por um longo período de tranquilidade e paz graças aos irmãos Mario e Luigi. Entretanto uma pequena fenda no reino foi capaz de ser a perdição quando Bowser enviou seus subordinados para que o caos seja feito.
A tropa Koopa foi responsável pelo sumiço dos cetros mágicos dos reis de cada região, e por transformarem cada respectivo rei em um animal. Para que tudo volte ao normal Mario e Luigi devem dar tudo de si, com o auxílio da Princesa Peach, que comunica-se através de cartas. No final tudo não passava de uma emboscada para que Bowser sequestrasse Peach, enquanto os irmãos andavam ocupados com outras coisas.