Após os eventos de The legend of Zelda: Ocarina of Time, Link foi amaldiçoado por Skul Kid que está sob o controle da maligna Majora’s Mask, acabando então preso em uma terra cheia de problemas, conhecida como Termina. Ele tem 3 dias para coletar as mais diversas máscaras e livrar a terra do mal iminente, onde deverá usar as habilidades concebidas através das máscaras e repetir os dias para alcançar seu objetivo.
A jogabilidade de Majora's Mask é muito mais ampla em relação ao seu antecessor, Ocarina of Time. O game dá continuidade ao conceito de resolução de quebra-cabeças, além de introduzir transformações de personagens e uma missão que deve ser concluída em 72 horas na história do game. Como nas edições anteriores, caminhe, corra e salte por ambientes incríveis e use tudo que estiver à sua disposição para combater inimigos e salvar o mundo da colisão com uma lua.