No ano de 199X, na vila de Onett, no continente de Eagleland...
O jovem Ness estava dormindo uma noite quando um barulho alto o acordou de repente. Enquanto ele corre para fora da cama e sobe para uma colina próxima, ele encontra um meteoro estranho, carregando um único passageiro: um misterioso inseto chamado Buzz Buzz. Buzz Buzz diz a ele que no futuro, um alienígena maligno conhecido como Giygas conquistou o mundo, e os únicos que podem detê-lo são quatro crianças: três meninos e uma menina. Ness, é claro, é um dos escolhidos, e ele deve encontrar as outras três crianças: Paula, uma jovem com poderes psíquicos notáveis, Jeff, um gênio mecânico, e Poo, o jovem Príncipe de Dahlaam. Juntos, esses quatro amigos têm o poder de derrotar Giygas e salvar o mundo de seu reinado caótico!
EarthBoundé uma continuação de Mãe . É um jogo de RPG de cima para baixo no qual os heróis viajam por Eagleland e vários outros países exóticos, tentando acabar com a influência maligna de Giygas.
No caminho, Ness e seus amigos encontrarão muitos inimigos e os enfrentarão em combates por turnos. Ao contrário do jogo anterior, os inimigos estão visivelmente andando na tela. A cada turno, cada um dos personagens do grupo pode atacar com suas armas, usar uma habilidade especial (alguns personagens têm poderosos poderes psíquicos que podem ferir inimigos, curar companheiros e muito mais; alguns também têm outros poderes especiais únicos), use um item ou tente escapar.
O jogo apresenta "contadores de HP rolantes" - quando um personagem recebe dano, nem tudo é retirado de seu HP imediatamente, mas seu HP diminui lentamente; se o combate terminar rapidamente, mesmo um ataque de dano massivo pode deixar um personagem apenas com ferimentos leves. Ao vencer batalhas, os personagens ganham experiência e assim se tornam mais fortes. Se os personagens controlados pelo jogador forem fortes o suficiente, inimigos fracos escaparão deles em vez de tentar atacar; quando perseguidos, eles serão derrotados instantaneamente.
Salvar o jogo é feito encontrando um telefone e ligando para o pai de Ness. Quando os heróis derrotam os inimigos, a conta bancária de Ness recebe dinheiro, que pode ser recuperado em caixas eletrônicos ao longo do jogo e gasto em lojas para comprar equipamentos melhores ou itens úteis.