Milhares de anos atrás, em uma batalha com o ancião decadente conhecido como Shinnok, Raiden foi responsável pela morte de toda uma civilização. Para livrar todos os reinos da ameaça de Shinnok, Raiden iniciou uma guerra que mergulhou a Terra em séculos de escuridão e baniu Shinnok para um lugar chamado Netherrealm. Eras se passaram e após a derrota de Shao Kahn, no tempo atual onde o game se passa, Shinnok conseguiu escapar de Netherrealm, trazendo a guerra à tona mais uma vez.
Com grande aperfeiçoamento nos seus gráficos com relação aos jogos anteriores da série, o game manteve sua clássica jogabilidade do estilo Mortal Kombat. MK4 introduziu um sistema de armas especiais, onde cada lutador com sua devida combinação de golpes, tem o uso desses power-ups durante as batalhas. Armas podem ser derrubadas, cabeças cortadas e todos os movimentos originais da franquia. Entre na batalha e acabe com eles.
